A történelmi egyházak papjai és lelkészei a szószékről lelkesítették az embereket a forradalom és szabadságharc eseményeiről 1848–1849-ben. A hivatalos jogszabályok kihirdetésére kifejezetten kötelezte őket a magyar kormány, melynek saját hatáskörükben tettek eleget, vagy tagadták meg. A különböző törvények, intézkedések felolvasása azonban végzetessé vált számukra a szabadságharc leverése után, így a Függetlenségi Nyilatkozat kihirdetéséért, amely kimondta a Habsburg-ház trónfosztását, többeknek várfogság lett a részük, felekezetüktől függetlenül.
Az 1848. március 15-i forradalom eredményeként meghozott áprilisi törvények XX. törvénycikke rendelkezett a szabad és egyenlő vallásgyakorlatról, amely az akkori bevett vallások – római katolikus, református, evangélikus és az unitárius egyház – tagjainak lehetővé tette hitük gyakorlását. Fontos változást hozott a törvénycsomag abban is, hogy a fő kegyúri jogot, tehát a katolikus püspökök kizárólagos kinevezési jogát ezentúl nem csak a király mondhatta magáénak: azt a vallás- és közoktatásügyi miniszternek is alá kellett írnia, ami tulajdonképpen vétójogot jelentett a király döntésével szemben. A püspöki kar tartott attól, hogy ezzel akár egy nem katolikus kultuszminiszternek lehet döntő szava a püspöki kinevezéseknél.
A szabadságharc mellett a katolikus főpapok 1848 decemberéig egy emberként kiálltak, küldöttségeket menesztettek a bécsi udvarba a császári csapatok Magyarországról való kivonását kérve. A püspöki kar egysége 1849 januárjában bomlott meg, egy része kényszerítések hatására behódolt, másik része passzív ellenállásba vonult, vagy ténylegesen ellenállt. A katolikus alsópapság azonban mindvégig kitartott a szabadságharc ügye mellett, sőt követelték, hogy töröljék el a cölibátust, a világiakat vonják be az egyházközségi vagyonkezelésbe és a püspökválasztásba, valamint azt is, hogy az egyházmegyék irányításában részt kaphassanak a plébánosok, a káplánok és a tanítók. Ezekből az elképzelésekből azonban szintén nem lett semmi, nem kis részben azért, mert a püspökök elzárkóztak az efféle követelések elől.
A katolikusok papi szemináriumai és a protestáns lelkészképzők kiürültek a szabadságharc alatt, mert nemzetőrnek és honvédnek, a káplánok és plébánosok közül sokan pedig tábori lelkésznek álltak. 
A szabadságharc leverése érzékenyen érintette az egyháziakat, öt katolikus püspök ellen indult eljárás, amelynek keretében áthelyezésekre, osztrák kolostorokba való internálásokra és lemondatásokra került sor. A protestáns püspökök kinevezését ezentúl császári engedélyhez kötötték, megszűntették a világiak részvételét az egyházkormányzatban. Az evangélikus püspökök közül mind a négyet eltávolították, közülük ketten várbörtönbe kerültek.
Hám János prímás
Számtalan katolikus pap került vizsgálati fogságba vagy börtönbe azért, mert felolvasta az osztrák hatóságok rendeletét. Damjanich – gyakorlatilag különösebb indok nélkül – 1849 húsvétja előtt főbe lövette Mericzay János szecsői és Hornegger Antal kókai plébánost. Zichy Domokos veszprémi püspököt megfosztották püspöki székétől csak azért, mert a püspök elmenekült a zavargások elől. Scitovszky János – akkor még pécsi püspök – javait zárolták, Hám János prímást száműzték az országból.
Jellemző, hogy azokat a főpapokat, akik gyanusak voltak a nemzeti kormány számára, a császári hatalom is üldözte. A császár visszavonta Hám János és Lonovics József érseki, Jekelfalussy Vince és Horváth Mihály püspöki kinevezését. Első fokon Rudnyánszky József besztercebányai püspököt hatévi, vasban letöltendő fogságra, Bémer László nagyváradi püspököt pedig halálra ítélték.
Bémer László nagyváradi püspök
Ezeket a szigorú ítéleteket vatikáni közbenjárásra és a népharagtól tartva enyhítették ugyan, de az alsópapság soraiból az osztrák vérbíróságok többeket kivégeztettek. A papnövendékek pedig, akik honvédként harcoltak, hosszú évekig tartó kényszerkatonáskodásra számíthattak valamelyik távoli osztrák tartományban. Sokuk papi pályája tört ketté emiatt.
Jellasics utasítására már 1848-ban is csonkítottak meg és végeztek ki papokat Zalában, így a klérusnak nem lehettek illúziói a szabadságharc bukása után arra vonatkozóan, mi vár azokra, akiket a megszálló hatalom rebellisnek minősít. Haynau egyik tábornoka a fegyverletétel előtt lövette agyon Mansbarth Antal csákberényi plébánost; Mészáros Dániel sopornyai plébánost a pozsonyi haditörvényszék végeztette ki. Mindkettőjük ellen az volt a vád, hogy kihirdették a Habsburg-ház trónfosztását. Rómer Flóris bencés szerzetest, történészt fegyveres harc miatt ítélték nyolcévi várfogságra. Haynau vésztörvényszéke halálra ítélte, majd kivégeztette Streith Miklós vértesboglári plébánost és Gonzeczky János tábori lelkészt.
A katolikus papság elleni megtorlás még évekkel később is tartott: Gasparich Kilit ferences szerzetest, Perczel tábori lelkészét 1853 őszén akasztották föl Pozsonyban. 1854-ben az egész aradi minorita rendházat Ausztriába hurcolták, mert Kossuth-proklamációkat találtak náluk. Nyolc szerzetes közül kettő Ausztriában halt meg, egyikük elméje elborult a szenvedésektől, és öngyilkos lett.
@ Egyházmegyei Lelkipásztori Intézet
Forrás: Evangélikus Egyház honlapja, Magyar Nemzet, Wikipédia